বাংলাদেশ ইসলামী ছাত্র মজলিসের কেন্দ্রীয় সংগঠন গঠিত হয় কেন্দ্রীয় সভাপতি, কেন্দ্রীয় প্রতিনিধি পরিষদ ও একটি কেন্দ্রীয় নির্বাহী পরিষদ নিয়ে

শাখায় দু’য়ের অধিক সদস্য থাকলে কেন্দ্রীয় প্রতিনিধ পরিষদের অনুমোদন সাপেক্ষে সেখানে সদস্য শাখা গঠিত হবে। সদস্য শাখা সভাপতি সদস্যদের প্রত্যক্ষ ভোটে একবছরের জন্য নির্বাচিত হবেন।

বাংলাদেশের প্রশাসনিক জেলাসমূহে কেন্দ্রীয় প্রতিনিধি পরিষদ কর্তৃক মনোনীত সভাপতির নেতৃত্বে জেলা শাখাসমূহ একবছরের জন্য গঠিত হবে

দু’য়ের অধিক সহযোগী সদস্য নিয়ে সহযোগী সদস্য শাখা গঠিত হবে। সহযোগী সদস্যদের প্রত্যক্ষ ভোটে শাখা সভাপতি একবছরের জন্য নির্বাচিত হবেন।